Evolutionary framework for DNA Microarry Cluster Analysis

En esta investigación se propone un framework evolutivo donde se fusionan un método de clustering jerárquico basado en un modelo evolutivo, un conjunto de medidas de validación de agrupamientos (clusters) de datos y una herramienta de visualización de clusterings. El objetivo es crear un marco apropiado para la extracción de conocimiento a partir de datos provenientes de DNA-microarrays. Por una parte, el modelo evolutivo de clustering de nuestro framework es una alternativa novedosa que intenta resolver algunos de los problemas presentes en los métodos de clustering existentes. Por otra parte, nuestra alternativa de visualización de clusterings, materializada en una herramienta, incorpora nuevas propiedades y nuevos componentes de visualización, lo cual permite validar y analizar los resultados de la tarea de clustering. De este modo, la integración del modelo evolutivo de clustering con el modelo visual de clustering, convierta a nuestro framework evolutivo en una aplicación novedosa de minería de datos frente a los métodos convencionales

A Gene Selection Approach based on Clustering for Classification Tasks in Colon Cancer

Gene selection (GS) is an important research area in the analysis of DNA-microarray data, since it involves gene discovery meaningful for a particular target annotation or able to discriminate expression profiles of samples coming from different populations. In this context, a wide number of filter methods have been proposed in the literature to identify subsets of relevant genes in accordance with prefixed targets. Despite the fact that there is a wide number of proposals, the complexity imposed by this problem (GS) remains a challenge. Hence, this paper proposes a novel approach for gene selection by using cluster techniques and filter methods on the found groupings to achieve informative gene subsets. As a result of applying our methodology to Colon cancer data, we have identified the best informative gene subset between several one subsets. According to the above, the reached results have proven the reliability of the approach given in this paper

Intelligent business processes composition based on multi-agent systems

This paper proposes a novel model for automatic construction of business processes called IPCASCI (Intelligent business Processes Composition based on multi-Agent systems, Semantics and Cloud Integration). The software development industry requires agile construction of new products able to adapt to the emerging needs of a changing market. In this context, we present a method of software component reuse as a model (or methodology), which facilitates the semi-automatic reuse of web services on a cloud computing environment, leading to business process composition. The proposal is based on web service technology, including: (i) Automatic discovery of web services; (ii) Semantics description of web services; (iii) Automatic composition of existing web services to generate new ones; (iv) Automatic invocation of web services. As a result of this proposal, we have presented its implementation (as a tool) on a real case study. The evaluation of the case study and its results are proof of the reliability of IPCASCI

A data mining framework based on boundary-points for gene selection from DNA-microarrays: Pancreatic Ductal Adenocarcinoma as a case study

[EN] Gene selection (or feature selection) from DNA-microarray data can be focused on different techniques, which generally involve statistical tests, data mining and machine learning. In recent years there has been an increasing interest in using hybrid-technique sets to face the problem of meaningful gene selection; nevertheless, this issue remains a challenge. In an effort to address the situation, this paper proposes a novel hybrid framework based on data mining techniques and tuned to select gene subsets, which are meaningfully related to the target disease conducted in DNA-microarray experiments. For this purpose, the framework above deals with approaches such as statistical significance tests, cluster analysis, evolutionary computation, visual analytics and boundary points. The latter is the core technique of our proposal, allowing the framework to define two methods of gene selection. Another novelty of this work is the inclusion of the age of patients as an additional factor in our analysis, which can leading to gaining more insight into the disease. In fact, the results reached in this research have been very promising and have shown their biological validity. Hence, our proposal has resulted in a methodology that can be followed in the gene selection process from DNA-microarray data

An Ensemble Framework Coping with Instability in the Gene Selection Process

[EN] This paper proposes an ensemble framework for gene selection, which is aimed at addressing instability problems presented in the gene filtering task. The complex process of gene selection from gene expression data faces different instability problems from the informative gene subsets found by different filter methods. This makes the identification of significant genes by the experts difficult. The instability of results can come from filter methods, gene classifier methods, different datasets of the same disease and multiple valid groups of biomarkers. Even though there is a wide number of proposals, the complexity imposed by this problem remains a challenge today. This work proposes a framework involving five stages of gene filtering to discover biomarkers for diagnosis and classification tasks. This framework performs a process of stable feature selection, facing the problems above and, thus, providing a more suitable and reliable solution for clinical and research purposes. Our proposal involves a process of multistage gene filtering, in which several ensemble strategies for gene selection were added in such a way that different classifiers simultaneously assess gene subsets to face instability. Firstly, we apply an ensemble of recent gene selection methods to obtain diversity in the genes found (stability according to filter methods). Next, we apply an ensemble of known classifiers to filter genes relevant to all classifiers at a time (stability according to classification methods). The achieved results were evaluated in two different datasets of the same disease (pancreatic ductal adenocarcinoma), in search of stability according to the disease, for which promising results were achieved

An agent-based clustering approach for gene selection in gene expression microarray

Gene selection is a major research area in microarray analysis, which seeks to discover differentially expressed genes for a particular target annotation. Such genes also often called informative genes are able to differentiate tissue samples belonging to different classes of the studied disease. Despite the fact that there is a wide number of proposals, the complexity imposed by this problem remains a challenge today. This research proposes a gene selection approach by means of a clustering-based multiagent system. This proposal manages different filter methods and gene clustering through coordinated agents to discover informative gene subsets. To assess the reliability of our approach, we have used four important and public gene expression datasets, two Lung cancer datasets, Colon and Leukemia cancer dataset. The achieved results have been validated through cluster validity measures, visual analytics, a classifier and compared with other gene selection methods, proving the reliability of our proposal

PhDAY 2020 -FOO (Facultad de Óptica y Optometría)

Por cuarto año consecutivo los doctorandos de la Facultad de Óptica y Optometría de la Universidad Complutense de Madrid cuentan con un congreso propio organizado por y para ellos, el 4º PhDAY- FOO. Se trata de un congreso gratuito abierto en la que estos jóvenes científicos podrán presentar sus investigaciones al resto de sus compañeros predoctorales y a toda la comunidad universitaria que quiera disfrutar de este evento. Apunta en tu agenda: el 15 de octubre de 2020. En esta ocasión será un Congreso On-line para evitar que la incertidumbre asociada a la pandemia Covid-19 pudiera condicionar su celebración

The cognitive and psychiatric subacute impairment in severe Covid-19.

Neurologic impairment persisting months after acute severe SARS-CoV-2 infection has been described because of several pathogenic mechanisms, including persistent systemic inflammation. The objective of this study is to analyze the selective involvement of the different cognitive domains and the existence of related biomarkers. Cross-sectional multicentric study of patients who survived severe infection with SARS-CoV-2 consecutively recruited between 90 and 120 days after hospital discharge. All patients underwent an exhaustive study of cognitive functions as well as plasma determination of pro-inflammatory, neurotrophic factors and light-chain neurofilaments. A principal component analysis extracted the main independent characteristics of the syndrome. 152 patients were recruited. The results of our study preferential involvement of episodic and working memory, executive functions, and attention and relatively less affectation of other cortical functions. In addition, anxiety and depression pictures are constant in our cohort. Several plasma chemokines concentrations were elevated compared with both, a non-SARS-Cov2 infected cohort of neurological outpatients or a control healthy general population. Severe Covid-19 patients can develop an amnesic and dysexecutive syndrome with neuropsychiatric manifestations. We do not know if the deficits detected can persist in the long term and if this can trigger or accelerate the onset of neurodegenerative diseases

Recomendaciones para el uso racional de la prueba 25-hidroxi vitamina D Policy Brief

El incremento exponencial en la solicitud de pruebas de laboratorio de 25-Hidroxivitamina D o [25(OH)D ha encendido las alarmas y generado un fuerte llamado de atención, dado que puede reflejar falencias en la estandarización de la práctica clínica y en el uso no sistemático de la evidencia científica para la toma de decisiones en la vida real, que permitan analizar las indicaciones de la prueba, su frecuencia, interpretación e incluso para valorar el impacto para los sistemas de salud, especialmente cuando se contrasta con los mínimos o casi nulos efectos de la estrategia de tamizar o suplir indiscriminadamente a la población general, sin considerar una evaluación clínica integral de riesgos y necesidades de las personas. Desde un punto de vista meramente de impacto en salud pública, la consecuencia de solicitudes masivas y no indicadas, están afectando a la mayoría de los sistemas e instituciones de salud a nivel global. Los estudios primarios que determinaban valores de ingesta promedio poblacional, han sido ampliamente utilizados en la formulación de recomendaciones en Guías de Práctica Clínica (GPC), pero lastimosamente interpretados de forma errónea como puntos de corte para diagnosticar enfermedad y permitir la exagerada prescripción de esquemas de suplencia. El coeficiente de variación en los ensayos de rutina para medir niveles sanguíneos de 25(OH)D3 es alto (28%), disminuyendo la precisión global de la prueba y de forma simultánea, incrementando tanto los valores falsamente altos como falsamente bajos. La evidencia científica más reciente, analiza y cuestiona seriamente, la utilidad y el efecto real de la práctica masiva e indiscriminada de prescribir vitamina D sin un análisis exhaustivo de riesgo. La evidencia disponible es insuficiente para recomendar de forma general la suplencia de vitamina D para prevenir fracturas, caídas, cambios en la densidad mineral ósea, incidencia de enfermedades cardiovasculares, enfermedad cerebrovascular, neoplasias y tampoco en modificar la curva de crecimiento de hijos de madres que recibieron vitamina D como suplencia durante la gestación. Las recomendaciones presentadas en el documento se sustentan en el análisis crítico de la evidencia actual y en los principios de buenas prácticas clínicas e invitan a considerar un uso racional de las pruebas de 25(OH)D en el contexto de una práctica clínica centrada en las personas y una evaluación integral de necesidades y riesgos. Los principios de buena práctica sugieren que los clínicos puedan ser capaces de justificar que los resultados de la prueba de 25(OH)D influyen de manera contundente y definida la práctica clínica y modifican los desenlaces que interesan a las personas e impactan en su salud y bienestar. En la actualidad no hay claridad de cómo interpretar los resultados, y la relación entre los síntomas y los niveles de 25(OH)D, la cual, podría no ser consistente con la alta prevalencia de deficiencia de vitamina D reportada. Por tal razón, se sugiere revisar la racionalidad de la solicitud de pruebas para monitoreo sistemático de niveles de 25(OH)D o en todos los casos donde se realiza suplencia. Considerar el uso de las pruebas de 25(OH)D dentro de la evaluación integral de personas con sospecha o confirmación de las siguientes condiciones: raquitismo, osteomalacia, osteoporosis, híper o hipo paratiroidismo, síndromes de mala absorción, sarcopenia, enfermedad ósea metabólica

XIV Jornada de Investigación 2023

Eje temático I: derecho, cultura y sociedad: En este eje tamático, se presentan ponencias que tienen como propósito analizar y explicar críticamente, a través de la investigación científica y desde el enfoque interdisciplinar, los derechos humanos, el proceso de estructuración de La convivencia y la equidad en la vivencia de los derechos; los valores, las costumbres, las normas, los estilos de vida, el uso de artefactos y la organización social; los procesos de desarrollo espiritual, de conocimiento científico, de desarrollo tecnológico y estético, y la convivencia y sus implicaciones en lo público y lo privado. Eje temático II: desarrollo humano y sostenible. El segundo eje temático que abordó la XII Jornada de Investigación fue desarrollo humano y sostenible, con ponencias que abarcaron todos aquellos aspectos que van, desde el desarrollo y bienestar individual, pasando por los estudios de las comunidades, para llegar a una comprensión global de la sostenibilidad como un factor determinante de existencia de las sociedades. Eje temático III: gestión y tecnología al servicio de la sociedad. Finalmente, en la XII Jornada de Investigación, se trabajóel eje temático gestión y tecnología al servicio de la sociedad, en el cual se presentaron, desde las diferentes disciplinas, ponencias que aportaron al campo del desarrollo productivo y a la solución de los problemas de la sociedad a través de las oportunidades que una buena gestión y un apropiado uso de la tecnología ofrece. (Tomado de la Fuente)EJE TEMÁTICO I: DERECHO, CULTURA Y SOCIEDAD La respuesta económica a la pandemia dentro del Estado social de derecho colombiano. Los espacios intermediarios como contenedores de experiencias significativas. Análisis del estilo lingüístico aplicado a la psicología jurídica. ¿Dejar o transformar? Cinco puntos para entender la ciudad contemporánea. Studiositas y verdad en la educación centrada en la persona. Los derechos de autor en el contrato de trabajo y de prestación de servicios. Afectación de los derechos sexuales reproductivos femeninos durante el conflicto armado en Colombia. Problemas del acceso a la justicia del campesinado de los páramos de Sumapaz y Santurbán. Vulneración del derecho al agua potable en La Guajira: una falta de garantías. Derechos humanos e inteligencia militar: el dilema de la primacía del interés general sobre el particular. Cuantificación del dolor humano por parte de la justicia colombiana. Retos tecnológicos en el derecho vs. Limitaciones en Colombia en las poblaciones más vulnerables. Construir identidad territorial a través del corredor socioambiental Los Nevados. La naturaleza en la arquitectura: una mirada a la arquitectura del siglo XX. Contrato de trabajo del futbolista profesional. La baja educación en las zonas rurales por consecuencia del conflicto armado y la corrupción en el Estado colombiano. Incidentes de la migración venezolana en el ámbito normativo nacional colombiano e internacional. Legalización definitiva del consumo adulto del cannabis en Colombia: un debate jurídico y constitucional. Wawamia jai, síndrome propio de la cultura: una caracterización de los signos y síntomas de una enfermedad cultural del pueblo indígena emberá-katío. La cruda realidad del reclutamiento de niños, niñas y adolescentes en el conflicto armado en Colombia: una visión nacional e internacional. EJE TEMÁTICO II: DESARROLLO HUMANO Y SOSTENIBLE Migración venezolana en Colombia: perspectiva crítica sobre el derecho de acceso a la salud. El estrés laboral. Una imagen no es tradición: la actualidad de la vivienda raizal en el Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina. Aprendizajes del proceso de diseño basado en la investigación: caso de estudio barrio Concepción Norte, Bogotá, Colombia. Sumapaz como territorio potencial hídrico y patrimonio paisajístico y cultural: modelo de región sostenible. Revisión sistemática del liderazgo digital desde las competencias digitales. Intervenciones psicológicas basadas en evidencia: tendencias actuales. Herramientas pedagógicas para la concientización de la comunidad a partir del reconocimiento de la memoria histórica en el barrio San Benito, Bogotá, Colombia. Diseño sostenible como factor diferencial en la reconversión industrial de las curtiembres en el barrio San Benito, Bogotá, Colombia. Motivación escolar como factor relacionado con el rendimiento académico en estudiantes en extraedad en la Institución Educativa Distrital República de México, sede B, jornada mañana. La realidad de los objetos artificiales. Performance en nuestro diario vivir. ¿Es necesario la modificación del lugar para satisfacer las necesidades del ser humano? ¿Es necesario hacer modificaciones al espacio natural para generar cultura? La arquitectura como síntesis entre los objetos con propósito o sin él. La creación de los objetos y sus impactos en el mundo. ¿Cuáles son los determinantes de las brechas de competencia laboral en el departamento de Cundinamarca, Colombia? Buenas prácticas de habitabilidad. Reconocimiento de la arquitectura doméstica tradicional en Colombia como una pauta de identidad para el diseño de nuevas viviendas. Validación de un instrumento para evaluar la procrastinación académica. Escala de medición de la soledad BATAN. Contraste entre el instrumento para medir la resiliencia en adultos jóvenes de Colombia (CLANP) con CD-RISC 10. Finlandia y naturaleza: país modelo en ratificación de normas y tratados para la protección de los derechos de la naturaleza. EJE TEMÁTICO III: GESTIÓN Y TECNOLOGÍA AL SERVICIO DE LA SOCIEDAD Aplicación de una tecnología limpia desde el diseño resiliente: simulación de un módulo básico de vivienda social en la ciudad de Tunja, Colombia. Recorrido virtual de la Universidad Católica de Colombia Sede Claustro para la inducción de estudiantes y docentes. Evaluación de eficiencia de un prototipo de un sistema de atrapanieblas tipo NRP 3.0 para la vereda Gaunza Arriba, municipio de Guateque, departamento de Boyacá, Colombia. Sistema de Información para la Coordinación de Trabajos de Grado del Programa de Ingeniería de Sistemas de la Universidad Católica de Colombia (SIGETG). Estrategias de sostenibilidad para la reducción de la huella hídrica en la vivienda de la Costa Caribe. Sistema de evaluación de resultados de aprendizaje de la Facultad de Psicología de la Universidad Católica de Colombia. Identificación de tendencias en la implementación de DevOps a partir de una revisión sistemática. Desarrollo de un algoritmo de trading para operar el mercado de divisas a través de ondas de Elliott y números de Fibonacci. Los derechos humanos en el espacio de la inteligencia artificial. Construcción de paz a través del ciberactivismo en redes sociales de cuatro organizaciones juveniles de Bogotá. Las redes sociales digitales como herramienta educativa: una propuesta de investigación-innovación. Videojuego de realidad virtual sobre la extracción y el tráfico ilegal de la fauna silvestre en Colombia. Arquitectura de la información de la plataforma de inteligencia artificial para el estudio neurocognitivo y el apoyo a la salud mental. Inmersión sobre la innovación: perspectivas sobre el derecho al trabajo y la inteligencia artificial en el servicio de justicia. El ciberterrorismo en la legislación colombiana: un análisis desde la criminología. Modelo de fabricación digital de diseño sostenible para vivienda social. Uso de los videojuegos en el campo educativo: ventajas y desventajas. Resolución electrónica de controversias en procesos civiles de mínima cuantía en Colombia. Estrategia de evaluación y promoción de la salud mental en el contexto universitario. Caracterización de técnicas y herramientas de inteligencia artificial utilizadas para el perfilamiento de clientes por las mipymes en Colombia. Transformar el casco urbano del municipio de Líbano, departamento del Tolima, Colombia: un proyecto parque industrial para el intercambio de saberes y revitalización ambiental. Aplicación tecnológica en agricultura urbana para promover la seguridad alimentaria en poblaciones vulnerables. CONCLUSIONE